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Als älteste überlebende Tochter von insgesamt 16 Kindern des Kaiserpaares Franz Stefan von Lothringen und Maria Theresia wurde Maria Anna (1738-1789) ein unverhofftes Schicksal zuteil. Von einer schweren Erkrankung in jungen Jahren erholte sie sich nur bedingt und litt seither an einer sichtbaren Fehlbildung der Wirbelsäule sowie an einem allgemein unsteten Gesundheitszustand. Aufgrund der körperlichen Beeinträchtigung war sie für die Heiratspolitik und somit Festigung der Habsburgermonarchie ungeeignet.
Mit ihrem Vater Franz I. teilte sie die Begeisterung für naturwissenschaftliche Studien und widmete sich vermehrt seiner Herbarien-, Mineralien- und Münzsammlung. 1767 wurde sie Ehrenmitglied und Mäzenatin der Kaiserlichen Kupferstecherakademie in Wien, zwei Jahre später Mitglied der Großherzoglichen Akademie für bildende Künste in Florenz. Seit 1781 trat die Erzherzogin als wichtige Förderin des Elisabethinenkonvents in Klagenfurt auf. Nach ihrem Tod 1789 gingen alle ihre Besitztümer in den Besitz des Elisabethinen-Ordens über.